© AP Photo / Rajanish KakadeМедицинские работники в госпитале для зараженных коронавирусной инфекцией COVID-19 в городе Мумбай, Индия

© AP Photo / Rajanish Kakade

За последние два месяца индийский штамм SARS-CoV-2 — в классификации ВОЗ «Дельта» — стремительно распространился по миру. Пока ученые разбираются, насколько он опасен и эффективны ли против него вакцины, Министерство здравоохранения Индии сообщило о появлении нового подвида — «Дельта плюс».

Опасные мутации

Вирусы мутируют постоянно, в этом нет ничего особенного. Хуже, когда мутации затрагивают участки, от которых зависит агрессивность патогена. Именно такая ситуация с вариантом «Дельта»: у него четыре мутации в спайковом белке, ответственном за связывание вируса со здоровыми клетками и проникновение в них. Проблема в том, что на спайковый, или S-белок, нацелено действие многих антивирусных лекарств и вакцин, чем больше он мутирует, тем ниже их эффективность.

Самые полные и актуальные данные о всех мутациях коронавируса SARS-CoV-2 можно найти на портале Outbreak.info, созданном в Институте Скриппса при поддержке организаций, входящих в глобальную научную инициативу GISAID, — она обеспечивает открытый доступ к результатам геномных исследований.

Вариант коронавируса B.1.617 впервые выявили в Индии в октябре 2020-го. Позднее обнаружили три его подвида — B.1.617.1, B.1.617.2 и B.1.617.3 с мутациями в спайковом белке. Варианты B.1.617.1 и B.1.617.3 распространялись ограниченно, и на сегодняшний день ВОЗ относит их к группе VOI: Variants of Interest — вызывающие интерес. Большинство же случаев тяжелейшей второй волны COVID-19 в Индии в этом году, когда число ежедневно выявленных случаев достигало сотен тысяч, связаны с B.1.617.2.

CC BY 4.0 / https://nextstrain.org/ / Филогенетическое дерево штаммов коронавируса в России (слева) и их географическая распространенность (справа) по состоянию на 24 июня 2021 года

CC BY 4.0 / https://nextstrain.org/ /

Филогенетическое дерево штаммов коронавируса в России (слева) и их географическая распространенность (справа) по состоянию на 24 июня 2021 года

Сперва его называли «индийским штаммом». Позже ВОЗ присвоила ему обозначение «Дельта» и включила в группу с наивысшей оценкой угрозы VOC (Variants of Concern) — вызывающие беспокойство. Это варианты, которые распространяются легче и быстрее других, вызывают более тяжелое течение заболевания и менее восприимчивы к антителам, образовавшимся после предыдущей инфекции или вакцинации.

Ученые высказывают предположения, что против «Дельты плюс» окажутся бессильны и созданные в лаборатории моноклональные антитела, показавшие высокую эффективность в борьбе с первоначальными штаммами. Однако для окончательного вывода нужны дополнительные исследования. Нет пока общего мнения и относительно того, целесообразно ли применять против «Дельты плюс» плазму переболевших COVID-19, вызванным другими разновидностями коронавируса.

Еще хуже «Дельты»

По мнению ученых, агрессивными качествами «Дельта» обязана четырем мутациям в спайковом белке: L452R, T478K, D614G, P681R. В июне появилась информация, что в Непале обнаружили разновидность B.1.617.2.1 с пятой мутацией — K417N, которая находится в рецептор-связывающем домене RBD (receptor-binding domain), отвечающем за связывание вириона с рецепторами на поверхности клеток человека. Делая S-белок более активным, эта мутация повышает устойчивость вируса к антителам, которые вырабатываются у переболевших и вакцинированных.

© Иллюстрация РИА Новости . https://www.cdc.gov/, https://outbreak.info/Общая структура генома коронавируса SARS-Cov-2. Каждый участок, показанный разными цветами, содержит инструкции по созданию той или иной части вируса. Например, коричневый участок содержит генетические инструкции по созданию спайкового белка, который позволяет вирусу прикрепляться к клеткам во время инфекции. Снизу детально показан участок генома спайкового белка с мутациями, характерными для варианта В.1.617.2 «Дельта» (отмечены желтым). Интенсивность цвета указывает на степень мутирования генов

© Иллюстрация РИА Новости . https://www.cdc.gov/, https://outbreak.info/

Общая структура генома коронавируса SARS-Cov-2. Каждый участок, показанный разными цветами, содержит инструкции по созданию той или иной части вируса. Например, коричневый участок содержит генетические инструкции по созданию спайкового белка, который позволяет вирусу прикрепляться к клеткам во время инфекции. Снизу детально показан участок генома спайкового белка с мутациями, характерными для варианта В.1.617.2 «Дельта» (отмечены желтым). Интенсивность цвета указывает на степень мутирования генов

Власти Индии 21 июня зафиксировали около двадцати случаев инфицирования «непальским» вариантом коронавируса — «Дельта плюс».

По данным научного портала Nextstrain, который отслеживает эволюцию патогенов в реальном времени, примерно в марте индийский штамм B.1.617.2 разделился на две ветви, получившие обозначения AY.1 и AY.2. И начал активно мутировать. Ветвь AY.1 дала вариант «Дельта плюс», который на сегодняшний день, помимо Индии, обнаружили в 11 странах — США, Канаде, Великобритании, России, Японии, Португалии, Польше, Турции, Непале и Швейцарии.

Геномные исследования показывают, что мутация K417N уже присутствовала в некоторых предыдущих вариантах SARS-CoV-2 — в частности, в «британском» штамме B.1.1.7 «Альфа». Но в сочетании с другими мутациями «Дельты» она особенно опасна.

CC BY 4.0 / https://nextstrain.org/ / Филогенетическое дерево индийского штамма коронавируса SARS-CoV-2 (слева) и география распространения его вариантов на 24 июня 2021 года

CC BY 4.0 / https://nextstrain.org/ /

Филогенетическое дерево индийского штамма коронавируса SARS-CoV-2 (слева) и география распространения его вариантов на 24 июня 2021 года

Тем временем ветвь AY.1 продолжает активно мутировать. Агентство общественного здравоохранения Англии (Public Health England) в последнем отчете сообщило о том, что в Великобритании зарегистрировали 63 варианта геномных последовательностей усовершенствованного штамма «Дельта» с новой мутацией K417N.

Чтобы оперативно реагировать на появление новых вариантов коронавируса, многие страны создают специальные службы геномного надзора. В частности, такая действует в США, в системе Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC). Ее ученые анализируют геномные последовательности вируса SARS-CoV-2 и отслеживают, как он меняется. Их задача — понять, как это влияет на характеристики вируса, и не пропустить появление вариантов, которые будут ускользать от действия существующих вакцин или противовирусных препаратов.

19 июня, 08:00Наука

Двойной мутант. Что известно об индийском штамме коронавируса