© Depositphotos / angellodecoВрач проводит тестирование на covid-19
© Depositphotos / angellodeco
В Великобритании взяли под особый контроль распространение коронавируса AY.4.2, отделившегося от дельта-штамма. Известно, что он еще более заразен. За пределами страны его очаги пока малочисленны. РИА Новости разбирается, чего ждать от очередного мутанта и как он повлияет на пандемию COVID-19.
Откуда взялся AY.4.2 и что о нем известно
Первыми тревогу британцы. Появился AY.4.2 в апреле. К концу сентября на него приходилось шесть процентов изученных образцов в Великобритании, и этот показатель продолжает расти.
В Шотландии AY.4.2 выявили больше, но это может быть связано с разной скоростью секвенирования в регионах страны, полагает Дмитрий Прусс, ученый-генетик из Солт-Лейк-Сити, США. В Англии образцы обрабатывают быстрее.
Департамент здравоохранения Великобритании включил AY.4.2 в список для мониторинга, говорится в отчете от 15 октября. В документе указано, что это разновидность дельта-штамма, отличающаяся двумя характерными мутациями в спайк-белке — Y145H и A222V.
Обе мутации и раньше встречались в самых разных линиях SARS-CoV-2. Например, A222V зафиксировали летом прошлого года в Европе в одной из линий, но она вымерла, поскольку не имела никаких эволюционных преимуществ. Сейчас эти две мутации закрепились и образовали более жизнестойкий вариант.
За пределами Великобритании AY.4.2 пока мало, в США всего три случая. Сегодня об этом штамме впервые сообщили в Израиле. Инфицирован 11-летний ребенок, прибывший из Молдавии. Это вполне объяснимо, считает Прусс.
20:30Распространение коронавируса
В Британии признали распространение в стране нового штамма коронавируса
«Никого не удивило, что Румыния и Польша оказались дополнительными очагами, поскольку немало прибывших из этих стран работают в Великобритании, ездят домой в отпуск. Из Молдавии, видимо, тоже. Но объемы секвенирования там маленькие, и реальную ситуацию мы узнаем нескоро», — комментирует эксперт.
В России тоже есть первый кандидат в AY.4.2. Его данные в базу GISAID загрузила лаборатория Роспотребндзора. Однако точность прочтения генома не самая лучшая, характерных мутаций не видно, поэтому пока этот случай под вопросом. Известно, что образец взяли у пациента из Твери 23 сентября. Мужчина 69 лет, симптомы — кашель, повышение температуры.
Данные о заразности неточны
Эволюцию коронавируса отслеживают по базе GISAID, куда ученые со всего мира загружают расшифрованные геномы. В Великобритании обрабатывают много данных, поэтому там регулярно находят новые линии. Однако с AY.4.2 есть дополнительные трудности.
«Этот подтип не всегда выявляется обычным набором реагентов. Если образец свежий, нагрузка вирусная высокая, он виден хорошо. А когда вируса мало, по техническим причинам его можно и не заметить», — уточняет Дмитрий Прусс.
Так что истинный масштаб распространения AY.4.2 точно не известен.
«Когда пришел дельта-штамм в конце весны, у него было преимущество в скорости в полтора раза. У AY.4.2 — всего десять процентов, и то при условии, что это не артефакт изменения технологического процесса [обработки образцов]», — добавляет ученый.
© Иллюстрация РИА НовостиВозникновение варианта вируса
© Иллюстрация РИА Новости
Возникновение варианта вируса
Опасен ли новый «британец» и что такое «русская дельта»
Почему AY.4.2 более заразен, чем родительский дельта-штамм, пока неясно. «Ни одна из этих двух мутаций не подходит на роль усилителя заразности, но мы знаем, что они могут давать неожиданные эффекты», — приводит слова профессора Франсуа Балу из Института генетики Глобального университета Лондона Научный медиацентр Великобритании.
По словам Балу, распространенность нового варианта все еще низкая по сравнению с родительским штаммом, не он отвечает за резкую вспышку COVID-19 в стране.
Рано говорить и о том, изменит ли AY.4.2 картину болезни, увеличит ли количество госпитализаций.
«Как правило, лаборатория получает образец с минимальным описанием. Первое, что выдают, — сырые результаты по количеству того или иного подвида. А как это связано с демографией, заболеваемостью, анализируют позже», — объясняет Дмитрий Прусс.
Вчера, 17:28Распространение коронавируса
Ученые предупредили об опасной мутации дельта-штамма коронавируса
Не исключено, что нового «британца» будут отслеживать и в России. У нас до сих пор в разы меньше секвенируют геномов, чем на Западе, но техническое оснащение ничуть не хуже. К примеру, в понедельник лаборатории Роспотребнадзора выгрузили в базу больше сотни свежих образцов из Москвы и регионов.
«По сравнению с Великобританией — капля в море, но относительно того, что делали еще три месяца назад, — большой прогресс», — отмечает Прусс.
Кстати, ученый нашел в GISAID «русскую дельту». Для нее характерны мутации NS7a_P45L и NSP2_K81N. Впервые ее выявили в Словакии в январе. Уже через месяц штамм разошелся по соседним странам, попал в Турцию. В апреле его обнаружили в Москве и Санкт-Петербурге. У нас он сразу стал доминировать и породил собственные линии. Как пишет Прусс, его доля сейчас — до 80 процентов. Теперь он уже в Казахстане и на Украине.
Собственного названия у «русской дельты» нет. Чтобы оно появилось, биоинформатики должны подать заявку в систему Pangolin — реестр номенклатуры коронавируса. Геномные данные нужно пропустить через комплекс программ, которые скажут, к какой линии отнести, какое название, согласно номенклатуре, присвоить. Именно так было с AY.4.2.
CC BY 4.0 / https://nextstrain.org/ / Доминирование штаммов SARS-CoV-2 в России с мая 2020 года. На графике видно, как дельта-вариант (зеленый) вытесняет альфа (голубой)
CC BY 4.0 / https://nextstrain.org/ /
Доминирование штаммов SARS-CoV-2 в России с мая 2020 года. На графике видно, как дельта-вариант (зеленый) вытесняет альфа (голубой)